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地理位置
澎湖馬公市之菜園濕地位於馬公內港東北岸的灣底，北臨205號公路旁的雙湖園及興仁水庫，東至201號公路旁之興仁進士第，西至菜園生命紀念公園，南至菜園魚塭之潮間帶。
濕地背景
日治時期菜園里東側沿岸已築有魚塭，政府播遷來台後，魚塭範圍逐漸擴大，民國60年魚塭停止養殖，這片濕地成為澎湖鳥類度冬、過境與遷移之最佳場所。
濕地範圍
本濕地因地勢較低，上游淡水來源充沛，民國60年自來水公司在灣底北岸近興仁里處築成水庫，民國82年軍方在魚塭西邊增建雙湖園人造濕地，園內有九曲橋、賞鳥亭、賞鳥牆，幾年後縣府造林工作隊在水庫壩底及雙湖園集水區出口附近復育海茄苳及水筆仔紅樹林，成效良好，生機盎然，濕地面積共約100公頃，可分為以下四區：
（一）興仁水庫及造林區
（二）雙湖園及紅樹林復育區
（三）菜園魚塭區
（四）菜園潮間帶海岸區
濕地現況
（一）興仁水庫及造林區：本區有澎湖集水量最大之水庫，水庫四周均有造林以維護水源。因地處避風的凹地，水源充裕，各種候鳥及生物隨季節更替，為具有生物多樣性的環境。本區交通方便，周邊並建有賞鳥亭、賞鳥牆、停車場及簡易休閒運動公園。
（二）雙湖園及紅樹林濕地：本區於民國82年軍方釋出用地後，築成一兼具休閒與賞鳥功能之人造公園，縣府造林隊在公園集水區出口處的濕地復育海茄苳，在壩底復育水筆仔，海茄苳生長情況良好，逐漸擴大成林，吸引許多過境候鳥，成為賞鳥、賞紅樹林的良好景點。
（三）菜園魚塭區：自民國60年承租業者停止養殖後，魚塭荒廢，潮來潮往，一年四季吸引許多水鳥、岸鳥前來停棲，如高蹺(行鳥)、八色鳥、隼、魚鷹及著名的黑面琵鷺均出現在本區。
（四）菜園潮間帶海岸區：本區範圍包括菜園魚塭南岸之潮間帶及東岸營區附近的濕地，近二十年來菜園里民在潮間帶附近養殖牡犡，豐富的海洋生物資源使潮間帶成為水鳥喜愛棲息的場所。
生態特色
本濕地為馬公市區最適合生態遊覽或戶外教學之地點，其生態特色有：
(1)陸域：休閒公園區、造林區、草地與草澤區、賞鳥區
(2)海域：牡犡養殖區與海岸濕地、潮間帶
(3)淡水區：含水庫及集水區
(4)海水魚塭區、泥灘及岩岸區、紅樹林復育區
重要性
(1)本濕地為海岸濕地與人造濕地混合的一處生態敏感區，地處澎湖內灣的避風處，是澎湖各種候鳥聚集與過境停棲的最佳處所。
(2)本濕地涵蓋自然與人造的多樣性濕地型態，且海域遼闊，為鳥類及各種生物提供棲息與覓食的環境。
(3)本濕地面積廣大，且距馬公市中心僅十分鐘車程，交通便利，可連結附近景點，近年政府投入多項整建，已具有國家級濕地公園的規模與條件，但尚待整合規劃及公告。
重要動物
※瀕臨絕種：
1.黑面琵鷺(Plataleaminor)
3.遊隼(Falcoperegrinus)
3.諾氏鷸(Tringaguttifer)
※珍貴稀有保育類：
1.蓬萊草蜥(Takydromusstejnegeri)
2.唐白鷺(Egrettaeulophotes)
3.赤腹鷹(Accipitersoloensis)
4.灰面鷲(Butasturindicus)
5.紅隼(Falcotinnunculus)
6.魚鷹(Pandionhaliaetus)
7.小燕鷗(Sternaalbifrons)
8.八色鳥(Pittanympha)
※其他應予保育類：
1.紅尾伯勞(Laniuscristatus)
重要植物
本濕地至2006年止台灣濕盟澎湖分會紀錄已有百種以上，重要植物分別如下：
一、紅樹林復育區：復育成功的有
1.海茄苳（主要種，漸漸成林）
2.水筆仔（少量，未成林）
二、位海淡水交界處，植物相豐，成為多樣生物的原因，本處植物特色為：
1.有抗鹽害、耐強風的海濱與草地植物
2.有水生植物、濕地植物及澎湖特有亞種之澎湖決明
3.有防風林及矮灌木
結語
菜園濕地自民國81年起，台灣濕地保護聯盟澎湖分會與澎湖鳥會就開始在此 濕地進行各種有系統的生態調查，由於本濕地生物相豐富，並涵蓋自然與人造的 多樣性濕地型態，民國83年8月環保署在其「台灣海岸地區環境敏感地帶保護區規劃調查」報告，即將本濕地劃為：澎湖重要生態敏感區之一。
近年本濕地常成為澎湖NGO團體與政府機關辦理各項生活動的場所，濕地周 邊相關設施逐漸增加，如能善加整合規劃，有機會成為國家級濕地公園。
附註：
澎湖的海岸濕地面積約佔澎湖群島面積之百分之三十，此比例全台第一。濕盟於2007年1月向內政部營建署提報澎湖菜園濕地、澎湖青螺濕地為國家級濕地公園之建議地，青螺濕地將於另期介紹。
